In effetti, ho trovato la risposta su un forum francese. C'è:
Connettiti allo Store tramite iTunes per Mac (penso che funzioni allo stesso modo su Windows ma non ho provato)
Scegli "Libri" in alto "fascia" (non conosco la parola inglese, per favore correggi :))
Clicca su acquisto nella colonna di destra
Quando passi il mouse sul libro che vuoi eliminare, apparirà una X. Fare clic su di esso e il tuo libro sarà nascosto. Sarà possibile scaricarlo nuovamente (gratuitamente penso, ma ancora una volta non l'ho provato) ma non apparirà più in nessuno dei tuoi dispositivi.
Et voilà! Non ho più questo libro sulla mia libreria di iBook!