Quando ripristini il backup dal tuo vecchio telefono, tutti i contenuti al momento sul telefono verranno cancellati. Non esiste un modo ufficiale o user friendly per unire i file di backup di iOS. I metodi che esistono sono molto "hackie" e implicano il jailbreak del telefono, ma nessuno di questi è attualmente compatibile con iOS 6.
Sebbene attualmente non sia possibile unire i due file SMS insieme, non è necessario perdere completamente i messaggi già presenti sul telefono. Puoi utilizzare un programma come PhoneView o iExplorer per recuperare i file SMS dal nuovo telefono prima di ripristinare il backup e memorizzarli come file di testo. Personalmente utilizzo PhoneView, ma entrambi i programmi (oltre a una serie di altri che sono sicuro che altre persone saranno felici di segnalare) funzionano altrettanto bene.
Come nota finale, se l'unione dei messaggi di testo dei due backup è l'unico modo per farlo, esiste un metodo che al momento non è compatibile con iOS 6 ma probabilmente lo sarà in futuro. Come ho detto sopra, è un hackie e potrebbe richiedere un jailbreak, ma una volta aggiornato per funzionare con iOS 6 farà quello che stai chiedendo. Lo script è disponibile sul link . Non l'ho usato personalmente e non posso garantire per sicurezza, sicurezza o efficacia, ma ha una storia piuttosto lunga e una reputazione decente online.