Ho lo stesso problema descritto in Quando si passa a uno spazio diverso, OS X a volte torna allo spazio precedente. C'è una soluzione per questo? ma su Sierra, non Lion, e solo su un display esterno (non sempre lo stesso display esterno).
Ho provato la soluzione su questa domanda (eliminando tutto dal desktop), ma ciò non risolve il problema. Qualcuno ha qualche suggerimento dato che la mia soluzione attuale è quella di uccidere lo spazio, ricrearlo, quindi spostare nuovamente le finestre in quello spazio che è estremamente fastidioso.