Ci sono un paio di modi in cui puoi mescolare un'app nativa e un'app browser.
Puoi incorporare il browser all'interno dell'app nativa, proprio come fanno le app PhoneGap sui dispositivi mobili. Ciò ti consentirà di estendere il motore javascript del browser e di effettuare chiamate tra i due.
In alternativa, ripensa la tua architettura. Sia l'applicazione nativa che l'applicazione basata su browser utilizzano il server come intermediario. Quindi sia il browser che l'applicazione nativa parlano solo con il server web, che inoltra le informazioni tra i due come necessario.
O se hai bisogno di funzionalità native ... basta creare un'unica applicazione nativa.
Non raccomando l'approccio del "web server locale" per qualcosa di diverso dalle applicazioni eseguite in ambienti controllati. Se il tuo software è progettato per l'installazione e l'esecuzione sui computer degli utenti finali con requisiti minimi di supporto, ti troverai a gestire un'intera serie di problemi relativi a firewall e software antivirus.