Questa non è una risposta particolarmente utile, ma sembra sia dalle chat su Internet che dalle prove aneddotiche (come il mio iPhone) che l'intero meccanismo di aggiornamento è al momento poco coerente.
Ho app che sono state aggiornate e mai aperte che hanno il punto, ho app che sono state aggiornate e non aperte dal momento che non hanno il punto blu. A volte il numero di app mostrate che necessitano di un aggiornamento non è in linea con ciò che dice l'App Store quando lo visiti. A volte si dice che tutte le app sono aggiornate quando è possibile trovare facilmente un aggiornamento quando si cerca manualmente su un titolo (ad esempio Facebook e Twitter sono entrambi mostrati come correnti anche se sapevo che sono stati aggiornati a iOS7, dando la caccia direttamente alle app nello store e selezionando Apri hai invece avviato un aggiornamento).
Penso che il meglio che posso dire sia che ci sono dei problemi, ma sono difficili da rintracciare, non sono gli stessi per tutti e non sono nemmeno coerenti tra loro su uno specifico dispositivo univoco. Vale la pena di porre la domanda, però, forse qualcuno con più conoscenze potrebbe essere in grado di rintracciare una segnalazione di bug formale o simile che indica che si tratta di un problema più ampio che è stato segnalato o viene esaminato. Per ora, è un caso di aspettare ciò che è incluso nel prossimo aggiornamento del sistema operativo.
(PS, anche se questo non risponde alla tua domanda, ritengo che valga la pena di mettere un po 'di qualcosa per mostrare che ha avuto una certa attenzione a impedirmi - anche risposte e domande doppie - possiamo tutti rivedere questo se ulteriori notizie saranno disponibili )