You tube invia video HTML5 / H.264 a Safari e dispositivi che non sono in grado di riprodurre video flash, tuttavia, alcuni video (quelli che hanno annunci e altre funzionalità, per quanto posso ricordare)) non sono ancora supportati da YouTube in formato HTML5; questo spiega il motivo per cui potresti riscontrare alcuni problemi durante l'utilizzo di Safari e la visione di un video incorporato.
In questi casi, è meglio utilizzare l'applicazione nativa di YouTube per iPhone per guardare il video.
Ho attivato il lab "HTML5" su youtube e si dice chiaramente che "i video che hanno pubblicità verranno riprodotti utilizzando invece il player Flash". Il video che mostri nel tuo esempio ( questo ) ha pubblicità in esso, quindi perché il safari mobile su iOS può riproducilo
Se vuoi saperne di più su questo "processo" HTML5, puoi trovare tutte le informazioni sulla pagina HTML di YouTube .