Spesso ottengo la finestra di dialogo che mi avvisa che sto aprendo un'applicazione per la prima volta. Ma non è la prima volta. Alcune di queste sono applicazioni che uso quotidianamente. 
Mi sembra di averne di più dopo un aggiornamento del SO, quasi come se un database fosse stato ripristinato. Posso fare qualcosa per ottenere questi avvisi da generare correttamente?
Questo avviso si apre ogni volta che un'applicazione vuole registrare un gestore URI (un protocollo something:// ). Normalmente, l'approvazione viene salvata da LaunchServices, ma tale database può essere danneggiato. Prova a resettarlo facendo un
/System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Versions/A/Frameworks/LaunchServices.framework/Versions/A/Support/lsregister -kill -r -all local,system,user
nel Terminale. Gli avvertimenti dovrebbero apparire una volta per ogni applicazione dopo di ciò, quindi scomparire definitivamente. Se continuano a venire, qualcosa sta ripristinando il database da solo (un indizio sarebbe che l'app browser / app predefinita / app RSS / app FTP che hai impostato continui a reimpostarsi su quelli forniti da Apple).
Ho avuto lo stesso problema (solo con SourceTree, dopo un aggiornamento) e vedere la risposta di @kopischke mi ha ricordato un altro thread Ask Different, su un altro problema del database LaunchServices:
Perché l'elenco "Apri con" del mio Mac inizia a elencare le app due volte e talvolta tre volte?
Il comando di ripristino di LaunchServices purché sia leggermente diverso da quello fornito da @kopischke:
/System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Versions/A/Frameworks/LaunchServices.framework/Versions/A/Support/lsregister -kill -r -domain local -domain system -domain user
L'ho provato e ho risolto il problema "Apertura dell'applicazione per la prima volta". Ma non mi ha richiesto di ri-approvare ogni altra applicazione (solo alcuni, non ho visto uno schema ovvio in cui). Quindi potrebbe valere la pena provarlo prima di provare il suggerimento precedente.
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