Quale sarebbe il modo migliore per codificare un LIMS rudimentale? [chiuso]

In realtà ho avuto un po 'di esperienza in questo settore mentre stavo lavorando alla stesura di un LIMS per un gruppo pharmacokinetic con il mio attuale datore di lavoro, quindi detto questo, ecco la versione breve di ciò che ho imparato negli ultimi due anni:

• In primo luogo, devi assicurarti di avere una specifica molto ben definita di ciò che ti serve per l'applicazione e di eventuali questioni normative da prendere in considerazione. Ho avuto la fortuna di lavorare in un gruppo di ricerca, quindi non abbiamo dovuto preoccuparci di GLP ; tuttavia, se ti trovi a dover seguire lo standard GLP, troverai una serie di grattacapi se tenterai di codificare l'applicazione autonomamente. In tal caso, potresti voler indagare su un sistema commerciale (ad es. Watson LIMS , STARLIMS , Core LIMS , ecc.) che potrebbe farti risparmiare parte del mal di testa associato alla GLP ma a spese delle tasse di licenza. Detto questo, l'esercizio di passare e determinare esattamente ciò di cui hai bisogno ti sarà di grande aiuto se ottieni COT percorso o percorso interno.
• Successivamente, devo toccare la portata di detto progetto. Quando ho iniziato il progetto ho avuto diversi anni di esperienza nella programmazione e ho completato diversi progetti; tuttavia, ci sono voluti circa 18 mesi per completare il progetto su uno stack .NET (ASP.NET MVC, jQuery, jQuery UI, Oracle 11g). Se hai altri programmatori che ti aiutano, il progetto potrebbe essere fatto prima. Allo stesso modo, un singolo sviluppatore con specifiche ben definite potrebbe essere in grado di realizzare il progetto da solo, anche se dipenderà da quanto si vuole ottenere. Più funzioni hai bisogno, più tempo ci vorrà. So che uno scienziato al lavoro che ha scritto è il proprio LIMS che utilizza Visual Basic per applicazioni sfruttando Microsoft Access ed Excel con un back-end Microsoft SQL Server; tuttavia, è stato un progetto che ha sviluppato per diversi anni.
• mlschechter ti indica un paio di buone risorse per progetti open source che potrebbero servire come base per la tua applicazione; tuttavia, in questi casi è necessario decidere se si è disposti ad adeguare i processi alle applicazioni o si avvicinano già a ciò di cui si ha bisogno. Come regola generale, maggiore è la personalizzazione desiderata nel software, più tempo ci vorrà per svilupparsi. Allo stesso modo, se utilizzi un'applicazione COT personalizzata, tanto più puoi aspettarti di pagare per la personalizzazione.
• Come sottolinea mlschechter, l'interfacciamento è un grosso problema e persino andare contro un singolo strumento potrebbe avere i suoi problemi se non ha un'API ben definita. In alcuni casi potresti essere in grado di interfacciare utilizzando LabVIEW ma le attrezzature più vecchie potrebbero essere un problema e devi comunque essere in grado di manipola i dati una volta che si trova in un database che è dove entra in gioco un front-end. I rapporti possono anche essere sorprendentemente difficili a seconda del tipo di lavoro che stai facendo.

Quindi, per riassumere un po ', questo non è un progetto semplice e più devi rispettare le varie normative, maggiori saranno le complicazioni. Se inizi con un progetto open source esistente, potresti fare alcune personalizzazioni che potrebbero essere un progetto interessante, ma dovresti essere preparato a prenderlo molto più tempo di quanto potresti inizialmente prevedere.

Il punto migliore per iniziare con qualcosa di simile è creare requisiti ben definiti. Devi sapere esattamente cosa vuoi che faccia il sistema.

Le seguenti sono domande utili per te e il team di programmazione:

1. Il team NIH è disposto a destinare risorse a questo?
2. Ci sono problemi di HIPAA / privacy / tracciabilità che sono critici?
3. Esistono norme governative per la gestione dei campioni che devono essere osservate?
4. Quali sono le competenze (e le competenze) delle risorse di programmazione disponibili? Ad esempio, qualcuno è stato coinvolto in progetti di grandi dimensioni prima?

Speriamo che le risposte sopra siano tutte positive.

Se hai un motivo convincente per costruire da zero, prova a concentrarti su un piccolo ambito e concentrati strettamente su un paio di aree principali. Se si dispone di apparecchiature di più fornitori, l'interfaccia può causare seri mal di testa. Così può qualsiasi tentativo di conformarsi alle piste di controllo mandate. Consiglierei anche di dare un'occhiata a questo sito e altri siti riguardo al processo di sviluppo del software, per avere un'idea di alcuni dei problemi che potrebbe essere necessario indirizzare.

Se sei aperto a introdurre un sistema, ci sono un certo numero di soluzioni open source che puoi considerare come punti di partenza; essendo open-source, potresti hackerare come necessario per la personalizzazione, e magari anche contribuire al progetto:

• Open-LIMS : basato su PHP; sembra essere un po 'immaturo (ancora in fase di anteprima), ma una grande opportunità per essere coinvolti a livello di terra
• Bika LIMS : basato su Plone (Python); sembra maturo, ha versioni specializzate
• Labmatica : Java / MySQL; ha più opzioni di licenza, ma potrebbe non essere più attivo

Ecco un elenco di altre potenziali fonti.

Dato che non sei un programmatore esperto (o uno sviluppatore per mestiere), il mio consiglio è di provare a comprare qualcosa dallo scaffale o almeno affidarlo a un professionista.

Attualmente sto gestendo un'applicazione LIMS costruita in modo semi-interno, che è stata originariamente costruita da un non programmatore / non sviluppatore; e ci sono molti problemi a causa di ciò. La persona che ha costruito è davvero intelligente, ma poiché non era la loro area di competenza / commercio, ha fatto alcune scelte iniziali che hanno reso la manutenzione futura molto più difficile.

Detto questo, c'è un problema che porterà all'accreditamento in laboratorio (fa abbastanza tracciamento, o il giusto tipo di tracciabilità, affinché il laboratorio sia accreditato correttamente). Inoltre, ogni persona di laboratorio (tecnico / chimico) vorrà che l'applicazione sia personalizzata esattamente come fanno il loro lavoro (indipendentemente dal fatto che sia il modo migliore per farlo) e nulla sul mercato soddisferà le loro esigenze individuali.

Sembra un'idea di progetto interessante. Ci sono un paio di modi per farlo.

Se vuoi attaccare a Python, c'è lo stack LAMP , che è ampiamente supportato e ci sono molti tutorial sul web. (Puoi anche usare PHP che è molto facile da imparare, anche se può essere frustrante da usare.)

Personalmente, non ho mai usato Python o sviluppato per Linux, ma è ancora abbastanza facile mettere insieme un sito Web di frontend con MySQL (o MS SQL Server) e PHP su un server Windows (sto lavorando a uno me stesso in questo momento). Ci sono un sacco di tutorial là fuori per aiutarti a iniziare (ho appena trovato questo e sembra abbastanza solido) in aggiunta per supportare PHP.net e w3schools .

A seconda di dove lavori (nel senso che potresti aver bisogno di una licenza) ci sono forse un paio di altre opzioni. PIMS e SPINE . Oppure puoi controllare plasmidb.sourceforge.net/intro.phtml

Sono tutti più guidati dalla biologia molecolare e open-source o dal mondo accademico, quindi il costo non dovrebbe essere un problema. Se non sono esattamente quello che stai cercando, potrebbero darti un punto di partenza.