Dipende da quanto è legato il codice al report. Se il tuo rapporto riguarda principalmente i tuoi risultati, allora aggiungerei semplicemente il codice sorgente come appendice alla fine del documento.
Se il tuo rapporto include dettagli sul codice o sugli algoritmi che stai utilizzando, includi comunque una copia completa nell'appendice, ma includi frammenti di codice pertinente in linea con il documento.
Se utilizzi LaTeX, ti suggerisco di utilizzare il pacchetto Listings per il codice sorgente. Questo crea una bella cornice attorno al codice con un'intestazione ombreggiata, con un font monospace e l'evidenziazione della sintassi per la maggior parte delle lingue, e puoi etichettare i frammenti in modo che tu possa \ ref {listing: foo} nel tuo documento.