Nella mia esperienza, non esiste mai una "opzione" per creare una partizione di ripristino. Ho eseguito una serie di installazioni pulite da USB DiskMaker e ciascuna di esse ha generato automaticamente il ripristino delle partizioni durante il processo di installazione. Per me, il tipico processo di aggiornamento consiste nel pulire l'unità esistente o installarne una nuova, utilizzare un USB creato da DiskMaker X per installare la versione di OS X desiderata e quindi importare le app, i dati e i profili utente richiesti da Time Machine.
Questo ha funzionato alla perfezione con Lion, Mountain Lion e Mavericks su una varietà di sistemi.
Internet Recovery installa sempre la versione di OS X che è stata originariamente spedita con il prodotto. Local Recovery reinstalla la versione di OS X che è stata utilizzata per creare la partizione di ripristino. Uno scenario tipico sarebbe quello di prendere un disco vergine installato in un sistema, avviare un programma di installazione USB Mavericks, utilizzare Utility Disco per creare la partizione di installazione e quindi avviare il processo di installazione. Il programma di installazione di OS X ridimensionerà la partizione creata automaticamente e creerà la partizione di ripristino. In questo caso, una reinstallazione da Local Recovery mostrerebbe Mavericks.
Capisco che stai vedendo qualcosa di diverso, ma devo ancora vedere un'installazione con Lion o più recente che mancava la sua partizione di ripristino quando l'installazione è stata eseguita su un HDD cancellato o nuovo. Un sistema con una serie di aggiornamenti sul posto andrà a mancare nella partizione di ripristino, ad esempio da Snow Leopard a Lion a Mountain Lion, ma questo non sembra essere lo scenario che stai discutendo.