Software disinstallato da brew ancora su $ PATH

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Software disinstallato da brew ancora su $ PATH

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Ho disinstallato il software da brew (come voglio usare una versione diversa), usando MacOS High Sierra 10.13.1

brew uninstall bowtie2

E invece scaricato il software da SourceForge, quindi copiato gli eseguibili sul $ PATH

which bowtie2

> /usr/local/bin/bowtie2

Tuttavia quando provo a eseguire il comando

bowtie2

Ho ricevuto l'errore

> -bash: /usr/local/Homebrew/bin/bowtie2: No such file or directory

Quindi sta ancora cercando il vecchio percorso nella cartella Homebrew. Come posso cambiare questo?

path terminal homebrew

posta tc13 16.05.2018 - 09:48

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3 risposte

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score 1 · Answer 1

L'homebrew piace creare collegamenti simbolici da /usr/local/bin/ a /usr/local/Cellar/ .

Puoi vedere se questo è il caso eseguendo: ls -l /usr/local/bin/bowtie2 .

Questo dovrebbe restituire una linea con sintassi delle frecce ( -> ) come questa:

/usr/local/bin/bowtie2 -> ../Cellar/bowtie2/<someversion>/bin/bowtie2

Se questo è il caso, puoi semplicemente eliminare il link simbolico rotto con: rm /usr/local/bin/bowtie2 (potresti dover preordinarlo con sudo a seconda della proprietà di /usr/local/bin/ . È il link simbolico rotto che causa which per mostrare ancora bowtie2 come posizionato in /usr/local/bin/ .

Puoi quindi spostare il nuovo binario per bowtie (scaricato da SourceForge) in /usr/local/bin/ o in qualsiasi altra cartella nel PERCORSO.

score 0 · Answer 2

prova a:

ls -la /usr/local/bin/ | grep bowtie2

così come

find /usr/local | grep bowtie2

questo ti darà tutte le informazioni

in genere viene inserito il binario ( * è solo per sostituire il numero di versione):

/usr/local/Cellar/PROGRAMNAME/*/bin/

che nel tuo caso:

/usr/local/Cellar/bowtie2/*/bin/

score 0 · Answer 3

homebrew è scollegare i link simbolici per te tramite "brew unlink bowtie2"

$ brew help unlink
brew unlink [--dry-run] formula:
    Remove symlinks for formula from the Homebrew prefix. This can be useful
    for temporarily disabling a formula:
    brew unlink formula && commands && brew link formula

    If --dry-run or -n is passed, Homebrew will list all files which would
    be unlinked, but will not actually unlink or delete any files.

$ brew unlink bowtie2