Sono appena passato da Snow Leopard a Mountain Lion. Ora quando apro la cartella dell'applicazione tramite il Dock sono presenti diversi programmi, ad es. Automator, che ho spostato nella sottocartella "Utilities" su Snow Leopard.
Se provo a spostarli nuovamente nella sottocartella, ricevo il messaggio che l'applicazione non può essere spostata in questa sottocartella poiché la sottocartella non può essere modificata.
Puoi ancora fare qualcosa come sudo mv /Applications/DVD\ Player.app /Applications/Utilities/ .
Ho incontrato diversi problemi dopo lo spostamento delle applicazioni su 10.6. Ad esempio, la console si è arrestata in modo anomalo al momento dell'avvio, anche se il problema si è interrotto il 10.7. Gli aggiornamenti del sistema operativo aggiungeranno applicazioni duplicate nelle posizioni originali come nel tuo caso.
Ho "risolto" il problema eseguendo un'installazione pulita di Snow Leopard e l'aggiornamento a Mountain Lion in seguito. Forse questo non è il modo più comune, ma ora non ho app duplicate. Inoltre, lascerò le app dove sono adesso e non mi interessa più di tanto.
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