Ho sperimentato qualcosa di simile e ho sempre sospettato che fossero le foto sul telefono prima che iCloud Photo Library fosse abilitato. L'unico modo che conosco per eliminarli è manualmente o tramite una sincronizzazione manuale sul mio Mac utilizzando Image Capture che ti dà la possibilità di eliminare tutte le foto copiate sul Mac. Nota che sto eseguendo la sincronizzazione con una cartella sul Mac, non con Photos.
Non sono sicuro di cosa succederà, ma stavo cercando di forzare il mio iPhone solo a copie ottimizzate, quindi ho disattivato la libreria di foto di iCloud, eliminato le foto rimanenti e ho riattivato la libreria di iCloud. Foto ha proceduto all'eliminazione di tutte le foto che avevo cancellato manualmente dal mio iPhone dalla libreria fotografica di iCloud. Questo è stato inaspettato, ma non una crisi enorme perché li ho ripristinati da "Recentemente eliminato". Tuttavia, ho imparato a non pensare di aver capito la libreria di iCloud abbastanza bene da pensare che avrei potuto piegarla alla mia volontà.
Dopo queste esperienze, se volevo rimuovere completamente un dispositivo da iCloud Photo Library, lo cancellavo e lo ricompilavo da zero anziché da un backup. Doloroso ma l'unico modo per essere sicuro.