Ho riscontrato problemi simili sul mio iPad e iPhone, quindi è possibile che siano in qualche modo correlati, anche se il mio problema può verificarsi con un aggiornamento di app o molti.
Mi imbatto in app che salta fuori dalle loro cartelle di più quando un'app in particolare ha problemi di download o installazione. (Ad esempio, vedrò spesso un'app in uno stato di installazione perpetua.) L'unico modo per correggerlo in modo affidabile è Respring o riavvio, e in quel momento le mie app saltano fuori dalle loro cartelle.
Non sono sicuro che abbia qualcosa a che fare con il jailbreak, perché ho visto un comportamento simile sui miei iDevice quando non potevo effettuare il jailbreak (anche se non così spesso). Sospetto che quando un'installazione o un download vadano male e Springboard venga riavviato, semplicemente resetta le cose su quell'app e la tratta come una nuova installazione (il che spiegherebbe perché il mio finisce sempre dopo tutte le altre icone e mai in intermix).
Un fenomeno simile è puramente legato al jailbreak. Se sul tuo dispositivo sono presenti ottimizzatori di cartelle (ad esempio Infinifolder) e il tuo dispositivo deve passare in modalità provvisoria (o qualcosa di strano accade), iOS mette le app in un ordine molto divertente e spesso fuori dalle cartelle. Penso che questo sia dovuto al fatto che gli ottimizzatori di cartelle non mantengono abbastanza correttamente la mappa di iOS su dove sono aggiornate le cose (e non possono in alcuni casi, specialmente se si ha una cartella in una cartella o più di 12 o giù di lì app in una cartella), e iOS deve capire da qualche parte per metterli.
Sicuramente strano, strano e persino fastidioso (specialmente quando tutte le tue app saltano le cartelle e le tue schermate ben ordinate devono essere ricostruite. sigh .)