Se si tratta di un progetto personale, io dico di memorizzare le impostazioni nel controllo del codice sorgente. Personalmente, nulla uccide più la mia motivazione per un progetto che la creazione di un ambiente di sviluppo.
Quando più persone sono coinvolte, non metto queste cose nel controllo del codice sorgente. Nel mio team, abbiamo utilizzato un mix di IntelliJ, Sublime Text ed Eclipse. I file IDE aggiungono solo ingombro, e portano a inserire i commit di quei file da altre persone per un IDE che non usi.
Inoltre, il tuo progetto non dovrebbe comunque dipendere dall'IDE. Un server di compilazione non eseguirà il riavvio di Eclipse per compilare il prodotto, quindi dovrebbe già essere privo di IDE. Un punto più piccolo: elimina l'organizzazione personale all'interno del progetto. Ad esempio, in IntelliJ mi piace utilizzare molti moduli all'interno del nostro progetto. Nessun altro usa IntelliJ a preoccuparsi di questo perché non memorizziamo i file .iml (modulo).
Se la tua squadra usa lo stesso IDE, allora è meglio, ma qualcuno commette una cattiva .classpath perché hanno usato un percorso assoluto. Ora tutti quelli che usano l'IDE si preoccupano di ciò.
Certo, il rovescio della medaglia è che c'è più setup quando qualcuno controlla il progetto. Penso che ne valga la pena. Utilizziamo Ivy per la gestione delle dipendenze e abbiamo informazioni su setup, dipendenze, ecc. Nonostante questo costo iniziale, penso che ne valga la pena per mantenere le impostazioni IDE fuori dal controllo del codice sorgente.