Questi contatti sono probabilmente archiviati non solo su iCloud, ma anche sul tuo dispositivo separatamente, nel gruppo di contatti solo dispositivo chiamato "sul mio iPhone".
La tua situazione è probabilmente un residuo delle volte in cui hai sincronizzato i contatti tramite iTunes. Poi sono stati migrati su iCloud e sono stati effettivamente raddoppiati, ma hai visto solo un contatto nell'app Contatti, perché il tuo iPhone (o iPad) mostrava solo una voce quando i contatti erano raddoppiati in quel modo.
Quello che devi fare è andare all'app Contatti, toccare "gruppi" e disattivare i gruppi iCloud, ma lasciare il gruppo "sul mio iPhone". Quindi sarai in grado di eliminare definitivamente i contatti presenti.