Ho trovato una soluzione imperfetta: apparentemente le applicazioni che utilizzano la propria modalità a schermo intero (una API meno recente forse?) e non la modalità a schermo intero OSX, disabilitano il Centro notifiche mentre sono a schermo intero. La modalità di composizione di Scrivener fa questo, così come Word 2011.
Una soluzione che ha funzionato per me in Scrivener era quella di entrare nella normale modalità a schermo intero (View- > Enter Full Screen), che utilizza l'API a schermo intero OSX, creando il proprio Spazio per Scrivener, mettendo il blu pieno icona a schermo sul lato destro della barra dei menu, lasciando intatto il Centro di notifica.
Se I allora vai in modalità composizione (Visualizza- > entra in modalità Composizione), tutto va bene e il Centro notifiche funziona.
Nota, questo non funziona in Word, perché nella sua infinita saggezza, prende il via dalla modalità a schermo intero OSX, abbandonando il suo Spazio, prima che entri nella modalità di composizione. Quindi non so ancora come ricevere le notifiche durante la composizione in Word, ma forse è solo un'altra ragione per non utilizzare Word.
Grazie a njboot per lo screenshot che mostra che è stato possibile ottenere le notifiche nella modalità di composizione Scrivener!