Se utilizzi Cronologia > Cancella cronologia e dati del sito web , che è l'unica opzione ovvia per cancellare la cronologia almeno in Safari 8, quindi questo è il comportamento previsto.
Tuttavia, se desideri rimuovere la cronologia ma lasciare intatti altri dati come i cookie di accesso, puoi farlo selezionando Cronologia > Mostra cronologia . Fai clic su una delle voci per evidenziarlo, quindi fai clic su Modifica > Seleziona tutto . Questo metterà in evidenza tutta la tua storia. Fai clic su Modifica > Elimina per eliminarli tutti (potrebbero essere necessari alcuni secondi).