App Store
Puoi facilmente verificare se l'aggiornamento tramite Mac App Store è un'opzione accedendo all'app App Store e verificando se è disponibile per te.
In generale, ciò che dovrebbe accadere è che l'App Store ti darà la possibilità di eseguire l'aggiornamento al SO più recente che verrà eseguito su Mac Mini. La tua domanda non specifica quale modello di Mac Mini stai usando, ma qualsiasi Mac Mini dai primi mesi del 2009 in poi può eseguire macOS Sierra, quindi è probabile che tu abbia l'opzione di eseguire l'aggiornamento, cosa che non vuoi.
Puoi potresti essere in grado di utilizzare ancora l'App Store accedendo alla scheda Acquisti e verificando che Yosemite sia elencato (lo sarà se lo hai scaricato in precedenza utilizzando lo stesso ID Apple).
Unità USB
Riguardo all'opzione USB, questo potrebbe funzionare a seconda della versione del programma di installazione che hai o del modo in cui inserisci il programma di installazione sull'unità USB (ad es. è avviabile dall'USB)?
Supponendo che tutto sia stato fatto correttamente, allora Yosemite supporta le normali opzioni di installazione, incluso "upgrade install".
Ricorda:
L'approccio migliore (come sempre) è fare un backup completo prima di tentare l'aggiornamento, indipendentemente da come pensi di farlo.