Dipende da che altro usi iTunes. Puoi disattivare l'opzione "ordina automaticamente i contenuti di iTunes", che ti consentirà di diffondere i file in tutto il negozio, ma tieni presente che download recenti, trasferimenti di iPhone, aggiornamenti e qualsiasi altro genere potrebbero non rendere onore alla tua scelta quando esegui gli aggiornamenti e simili, con la conseguente possibilità di più versioni di più app in più posizioni e anche effetti potenzialmente negativi su altri contenuti di iTunes come musica, ecc.
Non sono sicuro dell'aspetto di Windows 7 di questo prossimo bit, ma su Mac potresti "etichettare" i tuoi file in categorie e quindi creare un fodificatore intelligente che ricerca app in posizione X (predefinito) con Label Y etc - Penso che Windows debba avere un sistema di tagging simile, certamente può gestire le ricerche salvate / smart folder equivalenti abbastanza abili da approssimare lo stesso comportamento.