Non è davvero considerato "cattivo" mettere le cartelle lì, ma (come hai visto) può causare problemi con alcune app.
Il motivo per cui gli aggiornamenti non funzionano: l'installer / updater cerca un'app nella cartella / Applications e non la trova. Pertanto, presuppone che l'app non sia ancora installata e che tu stia cercando di installare l'intera app dall'aggiornamento, quindi non riesce.
In alternativa, l'app può essere duplicata perché il programma di aggiornamento non trova l'app e decide di installare una nuova copia.
Per evitare questo problema, ecco cosa consiglio:
Crea un'altra cartella "app organizzate" da qualche parte.
Crea cartelle come nella cartella / Applicazioni.
Apri una finestra del Finder in / Applicazioni e una nella tua nuova.
Seleziona dieci app dalla cartella Applicazioni. Fare clic con il tasto destro e selezionare Crea alias. Dagli un secondo. Quindi, trascina gli alias creati nella nuova cartella. Ripeti questo ( dieci app alla volta ) con il resto della cartella / Applicazioni.
Ora hai "link" a tutte le tue app nella tua nuova cartella. Organizzali come vuoi. Ora puoi fare doppio clic sugli alias in quella cartella per avviare le app a cui corrispondono. Sentiti libero di ri-nominare e riorganizzare questi alias come vuoi.
Si noti che, con questo metodo, gli aggiornamenti dovrebbero funzionare. Tuttavia, dovrai aggiungere manualmente ogni app che installi nell'altra cartella.