Ad ogni avvio, OSX 10.8 verifica sempre il dock per alcune app (Launchpad, Appstore, Promemoria, Note, ecc.) e le aggiunge al dock se sono state rimosse. (Non capisco perché - sembra strano e fastidioso anche a me.)
La soluzione è modificare il file plist di sistema (/Library/Preferences/com.apple.dockfixup.plist), rimuovendo gli elementi di configurazione che definiscono queste "correzioni". Per modificare questo file, avrai bisogno dei privilegi di amministratore: TextWrangler dovrebbe avvisarti automaticamente quando inizi a cambiare le cose.
Nel file plist, trova la chiave "aggiungi-app", che dovrebbe essere seguita immediatamente da un elemento, che contiene diversi elementi:
<key>add-app</key>
<array>
<dict>
...
</dict>
<dict>
...
</dict>
...
</array>
Puoi rimuovere selettivamente solo gli elementi per determinate app oppure puoi rimuoverli tutti.
Dopo aver salvato tali modifiche, dovrai comunque rimuovere manualmente le icone del dock illecito. Tuttavia, in caso di riavvii futuri, il sistema non aggiungerà automaticamente tali app sul dock. (Puoi sempre aggiungerli manualmente, se vuoi.)