Utilizza find per individuare i file in questo modo:
find . -name "* 2" -exec rm -r "{}" \;
Questo comando cercherà file e cartelle da dove sei . con nome "* 2" ed elimina ogni risultato -exec rm {} .
Se vuoi rinominare le directory:
find . -name "* 2" -type d -exec rename 's/ 2/-copy/g' {} \;
Come altro comando, individua solo le cartelle con nome "*.2" e rinomina sostituendo 2 con -copy .
Se non hai installato rename , puoi anche usare
find . -name "* 2" -type d -exec bash -c '[[ -x "${0/ 2/-copy}" ]] || mv "$0" "${0/ 2/-copy}"' {} \;
(La parte [[ -x verifica se esiste già un file / cartella).