C'è qualche differenza nel collocare i file MP3 nella cartella "Musica" rispetto ad un'altra posizione?

Puoi mettere la "radice" della directory iTunes Media, "iTunes Music", dove preferisci, anche se personalmente preferisco mantenere tutti i file di database attuali nella loro posizione originale & basta spostare i file dei brani stessi.
Questo è probabilmente il setup che hai attualmente.

Per spostarlo da un'altra parte, il modo più semplice è quello di cambiare la directory in iTunes prefs > Avanzato nella nuova posizione desiderata.
Controlla anche 'mantieni organizzato' & 'copia i file nella cartella dei media'

È passato molto tempo da quando l'ho fatto, quindi il passaggio successivo potrebbe essere automatico o manuale: prova per vedere.

Auto - quando fai clic su questa finestra di dialogo, iTunes ti chiederà se è possibile consolidare le nuove posizioni; di 'di si.
Manuale: se non lo richiede, quindi dal menu File > Libreria > Consolida i file per far sì che facciano lo stesso manualmente.

Questo copierà tutti i file di canzoni che sta attualmente registrando nella nuova posizione - & utilizzerà quindi quella posizione ogni volta che aggiungi nuova musica.

Si noti che nel mio esempio sopra iTunes_Remote è la directory di livello superiore; al suo interno iTunes creerà quindi le cartelle richieste per audiolibri, film, musica, ecc., se necessario.

Risposta semplice, non c'è differenza in cui un file lo renderà diverso in base al posizionamento sul computer.

Il motivo per cui hai una cartella "Music" sul Mac è solo per l'organizzazione. Una cartella già creata in cui inserire facilmente tutta la tua musica. Mettere la tua musica nei documenti o nella cartella Download sarà comunque riproducibile da qualsiasi applicazione di Music player.

Tuttavia, c'è un vantaggio nel disporre di file mp3 nella tua cartella Music perché iTunes cerca automaticamente in quella directory i file da aggiungere alla tua libreria.

Quindi per rispondere a tutte le tue domande ...

1) Sono indicizzati in modo diverso? Definisci 'indicizzati' .. Non sono trattati diversamente se è quello che stai chiedendo.

2) Le app le vedono in modo diverso? No, ma iTunes cerca nella cartella Musica i file riproducibili e da nessun'altra parte sul tuo sistema.

3) File allentati? Come ho detto sopra, qualsiasi file sul tuo sistema è sempre lo stesso tipo di file. Non importa dove si trova. Non lo rende altro a causa del posizionamento. Di nuovo, quelle directory sono destinate all'organizzazione.

TLDR; mettili nella tua cartella Music per iTunes per trovare rapidamente i file.