Devi passare attraverso l'App Store per arrivare a 10.11 (tecnicamente non è vero-- puoi comprare El Capitan su un drive USB, per esempio). Quello che voglio dire è che non puoi semplicemente andare su apple.com e cercare El Capitan e scaricarlo. Dopo aver ottenuto una versione di 10.11, puoi applicare l'aggiornamento combinato 10.11.5 (anche se non dovrai farlo poiché otterrai l'ultima versione più recente 10.11.x dall'App Store e questo è 10.11.5).
L'aggiornamento combo 10.11.5 serve per portare un sistema 10.11.x a 10.11.5. Non funzionerà su 10.10.x. Quindi stai facendo la cosa giusta passando per l'App Store, ma penso che qualcosa stia intasando il download-- probabilmente un vecchio aggiornamento software che non è stato completato.
Cerca nella sezione Acquisti della tua app Mac App Store. Potresti avere un download del sistema operativo precedente bloccato (o in pausa), oltre a El Capitan. Forse non conformisti, forse qualcos'altro. Se fai clic su "Riprendi" su quello, penso che semplicemente scomparirà e il tuo El Capitan riprenderà invece. Fondamentalmente devi sbarazzarti del download del sistema operativo che intasa i lavori. Potresti essere sorpreso di trovare un aggiornamento del sistema così vecchio e incompleto nella sezione Acquistata-- Ero, quando è successo a me.