Sfortunatamente, devi solo ricordarti di farlo ogni volta che crei un file o una directory. Non è possibile farlo tramite strumenti software o formattando su un particolare file system. Dopo il fatto puoi usare il software per convertire spazi in "." o '-' tuttavia.
Ovviamente ciò che descrivi è un'idea eccellente e una buona pratica quando si lavora in un ambiente * nix. Probabilmente scoprirai che più tempo trascorri nel Terminale, più propensi a creare nomi di file brevi e non distanziati. Sfortunatamente Apple stessa rende impossibile il tuo compito in quanto spesso usano nomi di file o directory multi-word.
Per quanto riguarda la prima parte della tua domanda: puoi essere certo che sarai sempre in grado di manipolare i file nel Terminale, anche se contengono molti spazi, ecc. È solo un caso di "sfuggire" agli spazi di digitando un '\' dove lo spazio sarebbe, come si fa notare.
Il completamento delle schede può essere un vero risparmio di tempo qui, ma in generale è meglio evitare il problema.