Non sono sicuro di aver compreso appieno la tua domanda.
Una risposta ovvia è: Microsoft Remote Desktop Connection per Mac ha una sezione Tastiera nella sua finestra Preferenze. Qui puoi configurare la mappatura per alcuni tasti speciali come il tasto "start" di Windows.
Personalmente uso una tastiera Bluetooth Apple (il modello recente, senza tastierino numerico) su un Mac con cui mi collego spesso a un PC basato su Windows 7 tramite Connessione desktop remoto. Ma non ho mai sentito la necessità di modificare le impostazioni delle preferenze di mappatura della tastiera predefinite dell'applicazione.
Le mie scuse se questo non risponde alla tua domanda. Forse vuoi avere più controllo sulla mappatura della tastiera? Ma questo non mi è chiaro dalla tua domanda iniziale.