Vai a: ~ / Library / Containers / com.apple.BKAgentService / Data / Documents / iBooks / Books e fai un backup copia il file Books.plist.
Fai doppio clic su Books.plist quando dovrebbe aprirsi in Property List Editor, assumendo che Xcode sia installato.
Espandi Root > Libri ed esamina qualsiasi elemento di Apple per vedere il formato. Trova l'oggetto che contiene il tuo PDF (lo chiamerò "articoloX") e aprilo. Se c'è una chiave del genere, tutto ciò che devi fare è modificare il campo del valore. In caso contrario, seleziona "articoloX" e fai clic su "Aggiungi bambino" in alto a sinistra per inserire una nuova coppia chiave / valore vuoto.
Inserisci il "genere" per la chiave, String (il valore predefinito) è corretto per il tipo e per il valore inserisci la categoria che desideri associare al PDF (puoi inventarla tu stesso).
Salva, riavvia il computer, apri iBooks e il tuo PDF ora dovrebbe avere la categoria che hai assegnato.
Successivamente devi sincronizzare l'iPad con Mac sul tuo Mac, ma prima di farlo devi eliminare i file PDF dal tuo iPad, in modo da avere le "nuove" versioni con le categorie modificate. Potrebbe essere necessario riavviare l'iPad per vedere le modifiche.
Un po 'di faffle, ma funziona per me su Mavericks con il mio iPhone.