Non puoi utilizzare Time Machine per eseguire il backup di Windows, se questo è ciò che intendi.
L'unico modo per farlo è se si ospita l'installazione di Win in una macchina virtuale come Parallels (a pagamento) o VirtualBox (gratuita), quindi ovviamente l'intera VM verrà salvata nella TM insieme a tutto il resto sul tuo mac.
Tuttavia, tornare a un particolare stato (o ripristinare un particolare file) in quel modo sarebbe come trovare un ago in un pagliaio.
Suggerirei che sarebbe meglio tenere un clone dell'installazione di Windows e un backup clone / TM separato dell'installazione di OS X (su un disco separato).
Non solo questa è l'unica soluzione pratica, ma soprattutto è anche la più sicura. Non tenere mai tutte le uova in un cestino (disco rigido) quando si tratta di backup, specialmente con Time Machine, che ha l'abitudine di danneggiarsi solo quando meno lo desideri.