Potresti esaminare VeraCrypt che è il successore open-source di TrueCrypt ed esiste per Windows, OS X e Linux. Può anche aprire contenitori TrueCrypt esistenti. link
Come TrueCrypt, VeraCrypt può creare un FILE CONTAINER crittografato che è come un file immagine DMG o ISO e può essere copiato, quindi può essere contenuto su un'unità USB formattata FAT32 purché la dimensione del file rimanga inferiore a 4 GB, come FAT32 non può contenere singoli file più grandi di quello. Per questo un file contenitore è possibile scegliere tra FAT, exFAT e OS X Extended come formato interno. Per la massima compatibilità tra Windows e OS X, la FAT è la scelta giusta. ExFAT può acquisire file di dimensioni superiori a 4 GB ed è supportato da Windows XP, ma non è supportato in OS X prima di 10.6.5 Snow Leopard.
Infine, puoi anche usare VeraCrypt per creare un VOLUME DI GUIDA CRIPTATO, in modo che l'intera unità USB o una partizione stessa siano crittografate. Tuttavia, VeraCrypt non crittografa i file esistenti direttamente. Per prima cosa si crea un file contenitore crittografato vuoto o il volume dell'unità, quindi si copiano i file su di esso.