Mi sono imbattuto nello stesso problema, fortunatamente non avevo cancellato i file dal rullino fotografico del mio iPhone.
Photos.app riconoscerà le foto dal vivo come duplicate quando già importate da Photo Stream come foto.
La cosa buona è che puoi reimportare quelle Live Photos "duplicate" in Photos.app e non si duplicheranno, ma saranno sostituite con la versione Live Photo corretta. Utilizza il pulsante "Importa selezionati".
Il problema ora è che la selezione manuale di migliaia di foto non è un'opzione .... quindi ho reimportato l'intero ruolo della videocamera trascinando una cornice su tutti i file già importati, compresi tutti i duplicati (foto e foto dal vivo) in Photos.app. Riceverai un messaggio di errore che "Duplicate bursts non sono supportati", se hai anche duplicati da importare, ma è ancora meglio in questa situazione evitando duplicati non necessari. Il resto delle foto duplicate può essere filtrato usando il terzo software di partito come Duplicate Annihilator o PowerPhotos.
È davvero stupido che Photos.app non offra la possibilità di sostituire solo le versioni fisse delle Live Photos durante l'importazione ... renderebbe la vita più facile.
Non dimenticare di disabilitare Photo Stream per non incorrere più in questo problema!
E fai i backup prima di fare confusione con la tua libreria Photos.app!