Secondo EveryMac.com/EveryiPhone.com , il 64GB SE è stato venduto (negli Stati Uniti perché non hai specificato un paese diverso) con iOS 9.3 preinstallato.
iOS 10 è uscito a settembre 2016 e credo che tutti gli iPhone dopo quella data fossero dotati di 10 preinstallati, incluso il modello da 64 GB. Posso acquistare il Best Buy vicino a me e hanno pubblicizzato un SE da 64 GB con iOS 10 preinstallato. Dovresti assicurarti che quello che stai cercando di acquistare sia stato distribuito prima di settembre.
Come disclaimer standard, non ti consiglierei di rimanere con iOS 9. Sono stati rilasciati molti miglioramenti della sicurezza e continuano ad essere rilasciati con le ultime versioni. Ti lasci apertamente a compromessi con un sistema operativo precedente.