Potrebbe essere difficile darti una risposta sì / no concreta, perché le cose possono sempre andare storte, e anche se la batteria viene sostituita, potresti rompere qualcosa nel processo di rimetterla insieme. (La procedura di sostituzione è un calvario abbastanza complicato, come probabilmente lo sai).
Detto questo, ho ho trovato questo forum che mi ha spinto a scavare un po 'più a fondo. C'è un software che ti permette di estrarre la musica dal tuo iPod - come CopyTrans , che potrebbe consentirti di eseguire il backup del tuo iPod, se lo desideri. Infatti, ecco un intero elenco di software che dovrebbe fornire quella funzionalità per te. Scorri verso l'alto su quel link e potresti trovare più informazioni utili.
Ritorno al punto: la sostituzione della batteria principale non dovrebbe avere alcun effetto negativo sul tuo iPod. (Un'interessante nota a margine: avviso Apple non avverte mai di lasciare un dispositivo completamente scarico troppo a lungo con il rischio di perdere dati - ci sono altri problemi che potrebbero verificarsi se ciò dovesse accadere, ovviamente). Gli iPod utilizzano la memoria Flash che non dipende dalla potenza costante, come alcuni tipi di RAM.
Quindi, in breve: tu non dovresti perdere i dati, ma esegui comunque il backup.