Spegni la VM, apri Parallels Desktop, seleziona la VM che desideri modificare, quindi nella barra dei menu seleziona Virtual Machine - > Configura ...
Verrà visualizzata una finestra Opzioni in cui è possibile modificare tutte le impostazioni della VM. In particolare per il tuo problema applicativo, puoi modificare quelle impostazioni sotto Opzioni - > Applicazioni. Deseleziono "Condividi le applicazioni Windows con Mac".
Dopo aver completato questo passaggio dovrai ricostruire manualmente il database di LaunchServices. Apri Terminale ed esegui quanto segue (senza $):
$ /System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Frameworks/LaunchServices.framework/Support/lsregister -kill -r -domain local -domain system -domain user
$ killall Finder