Suppongo che per "lunghe compilation mentre sono in movimento" intendi qualcosa come "avviare una compilazione, spostare laptop nello zaino, rimuovere a destinazione". Altrimenti, suggerirei di spegnere lo schermo o bloccarlo e lasciare aperto il clamshell.
Quando chiudi il clamshell, il laptop andrà sempre a dormire - il comando per farlo è a un livello più profondo rispetto a quello delle applicazioni eseguite. (L'app non-sonno che mi piace, Jiggler, muove periodicamente il mouse per prevenire il sonno, ma chiudendo il coperchio si invierà comunque il portatile al sonno.)
La soluzione migliore è probabilmente mettere il computer in stato di stop, quindi riattivarlo quando lo schermo viene chiuso con un mouse o una tastiera in modo che possa continuare a compilare. (Ho anche visto persone usare un sottile foglio di metallo per premere il pulsante di accensione per riattivare il computer, ma non ne ho esperienza.)