È possibile modificare l'ID Apple su un iPhone. Puoi farlo andando su Impostazioni > iTunes e App Store e accedi con il tuo attuale ID Apple. Successivamente, puoi accedere con il nuovo ID Apple.
Quando scarichi / acquisti un'app dall'App Store, questa verrà connessa all'ID Apple utilizzato per scaricare / acquistare. Ciò significa che se inizi a utilizzare un ID Apple diverso per scaricare / acquistare nuove app, non c'è alcun problema ad aggiornarle.
Come hai detto, hai installato WhatsApp ad esempio. Se c'è un aggiornamento per WhatsApp nell'App Store, puoi ancora aggiornarlo, ma devi utilizzare la password ID Apple del tuo "vecchio" ID Apple.
Nota a margine, puoi creare un backup dalla cronologia di WhatsApp (testi e contenuti multimediali) in iCloud. Dopodiché, puoi eliminare e reinstallare WhatsApp e ripristinare il backup.
Non so se altre app importanti per te abbiano la stessa funzionalità per creare un backup su iCloud.