Nel mio caso il seguente approccio ha risolto questo problema, almeno per il momento:
(Usando Mail.app versione 9.2)
Vai a Mail > Preferenze e seleziona la scheda "Composizione". Nella sezione delle preferenze relative a "Risposta" e modifica le impostazioni in modo che siano l'opposto di quello che usi normalmente. Salva le modifiche.
Quindi esco da Mail. (Nel mio caso ho riavviato anche la macchina - per un motivo completamente separato e non correlato, ma non so se questo è un passaggio critico o meno, certamente non farà alcun danno.) Riavvia la posta, e io ho scoperto che rispondere a un messaggio ora è conforme alle nuove preferenze che ho impostato.
Ho quindi ri-modificato le preferenze per riportarle a ciò che volevo. Ho provato una nuova risposta, e funziona - gli indirizzi di destinazione sono a posto, il testo dell'originale è lì e citato.
Credo che il problema potrebbe essere dovuto al fatto che le impostazioni delle preferenze originali si sono in qualche modo danneggiate. Lo terrò sotto esame e, se smetterà di funzionare in qualsiasi momento presto, mirerò ad aggiungere un commento qui.