Sto cercando una soluzione per lo stesso problema. Non ho trovato una soluzione piacevole anche se c'è un hacky qui che in breve è:
Disabilita il salvataggio dello stato dell'applicazione:
rm -r '~/Library/Saved Application State/*'
chmod -R a-w '~/Library/Saved Application State'
Disabilita "Riapri finestre quando riaccedi":
defaults write com.apple.loginwindow TALLogoutSavesState -bool false
chmod a-w ~/Library/Preferences/com.apple.loginwindow.plist
sudo chown root ~/Library/Preferences/com.apple.loginwindow.plist
Vedi il link fornito per maggiori dettagli.
Ma spero davvero che ci sia una soluzione migliore per questo? Nel mio caso il problema è che ho un mac in una stanza del server che esegue automaticamente uno script in una finestra di terminale. Questa macchina può essere riavviata in remoto. Ma così ogni volta che si riavvia mantiene la vecchia finestra del terminale e ne apre una nuova, quindi se l'ho riavviata 10 volte ci saranno 10 finestre del terminale aperte dove solo una è in uso.