Se faccio sostituire i file duplicati con i collegamenti fisici all'interno della mia directory home (~), penso che sia del tutto irrilevante quale dei due file venga sostituito.
È vero, o c'è qualche asimmetria di cui non sono a conoscenza?
No: i collegamenti fisici funzionano come i singoli file. Finché fai il prossimo link / copia nella cartella / directory corretta - sei a posto. Quando si attraversa un limite del file system, il collegamento si interrompe automaticamente e diventa un file distinto.
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