Assicurati che la sincronizzazione dell'app sia disattivata tra i dispositivi Mac e iOS (che puoi ricontrollare nelle impostazioni di iTunes quando il dispositivo è collegato). Quindi vai nella sezione App di iTunes ed elimina tutte le app. Con iCloud e iTunes Match ho interrotto la sincronizzazione dei miei dispositivi iOS più di un anno fa e non è assolutamente necessario eseguire il backup di queste app sul computer.
Se hai bisogno di aiuto per la gestione della sincronizzazione, consulta questo articolo nella Knowledge Base di Apple. In sostanza, vorrai fare l'opposto di quello che dice.