I tuoi backup non vengono crittografati a meno che non li converti o li imposti esplicitamente. Time Machine ti avviserà probabilmente quando hai una fonte crittografata e una destinazione non crittografata, ma puoi scegliere se l'origine o la destinazione o entrambe sono crittografate o non crittografate per soddisfare le tue esigenze.
FileVault di Apple e crittografia sono reversibili in modo da poter conservare la cronologia e andare avanti e indietro (presumendo che non ti interessi il ritardo per elaborare ogni blocco sulla memoria ogni volta che converti o ripristini lo stato di crittografia)