Non posso dirlo con certezza (quindi qualcuno può correggermi se AFP (che presumo sia in uso) funzioni in modo diverso) ma un problema comune con i trasferimenti di rete Windows da un dispositivo remoto a un altro è che tirerà il file sul computer che usi per avviare il trasferimento, quindi lo sposterà nella destinazione, che è molto più lenta di un trasferimento diretto.
Se Time Capsule ha una funzione nella sua interfaccia per trasferire file su un disco collegato (o può essere collegato a ssh per fare lo stesso), probabilmente sarà una soluzione migliore rispetto all'avvio del trasferimento tramite Finder.