Avvisi medici Homebrew che richiedono cancellazioni di librerie

Ho ricevuto gli stessi avvertimenti e l'ho risolto con quanto segue:

Quindi prima effettua il backup di questi file:

mv /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib.bak ...

Quindi installa tcl / tk con Homebrew:

brew tap homebrew/dupes brew install tcl-tk --with-tk

Quindi collega i file, in modo che R possa trovare tcl / tk installato da Homebrew:

ln -s /usr/local/Cellar/tcl-tk/8.6.1/lib/libtcl8.6.dylib /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib ln -s /usr/local/Cellar/tcl-tk/8.6.1/lib/libtk8.6.dylib /usr/local/lib/libtk8.6.dylib

Verifica due volte che il percorso collegato è dove è installato tcl-tk.

Ora sia l'Homebrew che la R sono felici.

Maggiori dettagli possono essere trovati sul mio blog . Spero che questo aiuti.

Ho ricevuto gli stessi avvisi da brew doctor . Per sbarazzarmi di R che avevo installato tramite il pacchetto cran, ho praticamente seguito gli stessi passi di Olivier, rimuovendo così app e framework come descritto nel R Installazione e amministrazione manuale:

rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app /usr/bin/R /usr/bin/Rscript

Quindi ho rimosso con attenzione i file elencati come appartenenti al pacchetto assicurandoti che nessuna directory fosse cancellata (in particolare il% branch completo di% di%, che è elencato nell'output di usr - - cancella questo e otterrai un panico del kernel):

for F in 'pkgutil --files org.r-project.x86_64.tcltk.x11 | sed 's/^/\//''
  do if [[ -f $F ]]
    then rm $F
  fi
done

Questo mi ha lasciato con poche directory Tcl e Tk in pkgutil , che ho eliminato manualmente , controllando l'output da /usr/local/lib . In alternativa, ma rischiando di rimuovere le directory non correlate che, per qualsiasi motivo, sono state lasciate vuote, è possibile farlo tramite:

find /usr/local -type d -empty -delete

Ho reinstallato R attraverso pkgutil senza problemi.

Avevo intenzione di disinstallare completamente R dal mio Mac e reinstallarlo usando Homebrew.

ATTENZIONE: NON SEGUI QUESTI PASSAGGI Leggi la fine del post prima di intraprendere qualsiasi azione.

I passaggi che ho seguito sono stati i seguenti:

1) Rimuovi l'app e il framework R:

rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app \
   /usr/bin/R /usr/bin/Rscript

2) Rimuovere i pacchetti che accompagnano R (ho capito che R ha installato alcuni pacchetti). Sul mio sistema ho identificato i seguenti pacchetti:

$ pkgutil --pkgs | grep org.r-
org.r-project.R.Leopard.fw.pkg
org.r-project.R.Leopard.GUI.pkg
org.r-project.R.Leopard.GUI64.pkg
org.r-project.R.x86_64.fw.pkg
org.r-project.R.x86_64.GUI.pkg
org.r-project.x86_64.tcltk.x11

Per vedere quali file compongono il pacchetto Tcl / Tk, ad esempio, puoi digitare:

pkgutil --files org.r-project.x86_64.tcltk.x11

Ho usato il seguente comando per rimuovere tutti i file e le (sotto) cartelle da quel pacchetto:

pkgutil --files org.r-project.x86_64.tcltk.x11 | xargs sudo rm -rf

Questa si è rivelata una pessima idea in quanto ha provocato un panico del kernel e alla fine ho dovuto reinstallare Mavericks! Apparentemente, secondo i geni di Apple Store, i pacchetti di cui sopra sono preinstallati con Mavericks e, per qualche motivo sconosciuto, l'eliminazione dei file dal pacchetto sopra menzionato rimuove alcuni file di sistema essenziali!

Ho concluso che l'uso di Homebrew causa molti più problemi invece di rendermi la vita più facile! Originariamente, ho scaricato MacPorts per Homebrew perché Homebrew era più veloce e MacPorts sembrava tenere molte "foglie" sui suoi alberi! Inoltre, entrambi richiedono una manutenzione regolare.

Infine, mi sto arrendendo entrambi!