La prima cosa che dovresti provare è installare OS X Lion Update 10.7.3 (Client Combo) . Se questo non sostituisce quei file, dovrai reinstallare OS X sull'installazione esistente.
Tuttavia, dal momento che stai già facendo casino nella cartella System, potresti essere interessato a provare a copiare quei file dalla tua partizione Recovery HD. Per fare ciò, è necessario montare Recovery HD, quindi montare l'immagine del sistema di base su di esso.
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Monta il Recovery HD in Terminale con questo comando:
diskutil mount "Recovery HD"
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Monta il BaseSystem.dmg con questo comando:
hdiutil mount /Volumes/Recovery\ HD/com.apple.recovery.boot/BaseSystem.dmg
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È quindi possibile provare a copiare i file dall'immagine del disco "Sistema Base Mac OS X" nella cartella di sistema. Dopo aver copiato, assicurati che il proprietario / i permessi siano corretti (eseguire le autorizzazioni di riparazione di Utility Disco sarebbe una buona idea).
Non l'ho ancora testato, ma le dimensioni dei file di ciascuna di esse sono le stesse sia nell'immagine del sistema base che nell'installazione completa di OS X, quindi sembra probabile che siano uguali.