Il modo di pensare di Time Machine è il backup di tutto eccetto quello che gli dici e non il disco fisso della macchina del tempo stesso. Non dovrebbe importare quante unità hai collegato, dovrebbero essere tutte copiate correttamente nella capsula del tempo. In altre parole, è possibile eseguire il backup di più origini ma solo su una destinazione, purché questa destinazione si presenti come una singola unità logica nel Finder.
Basta controllare in Sys Prefs > Time Machine > Opzioni se l'altro HD non è semplicemente aggiunto all'elenco delle eccezioni, non vedere come sarebbe finito da solo, ma per ogni evenienza.
E non penso che tu possa continuare a lavorare con lo stesso backup, dal momento che hai diviso i dati in 2 unità logiche separate. Time Machine non la pensa così. È meglio partire da zero, magari eseguendo il backup del set di backup corrente su un'altra unità se è necessario conservare tutti i backup precedenti ... Alcune persone devono essere in grado di tornare indietro nel tempo a un punto specifico. Mi interessa solo avere una copia aggiornata, non mi interessa molto di avere 30 diversi.