Sì, penso che sia una cattiva idea. Non fraintendermi, la ragione per farlo sembra grandiosa, ma il risultato potrebbe essere ancora orribile.
Avrai conflitti di fusione quando tiri un ramo tracciato, ma temo che sia il caso, tuttavia potrei sbagliarmi.
Non voglio testarlo adesso al lavoro, ma dovresti provarlo tu stesso.
In effetti puoi semplicemente controllare un commit recente. Crea un nuovo ramo, commetti qualcosa di meschino, selezionalo o unisci senza alcun autocommit.
Quindi esegui il tuo script, tira e se il tuo risultato è un pasticcio di fusione orribile, allora non dovresti farlo, alla luce del sole.
Invece potresti potenzialmente metterlo in una build notturna o in una build settimanale.
Ma anche una notte potrebbe essere una cattiva idea.
Potresti eseguirlo settimanalmente, quando sei sicuro che non si verificheranno conflitti di fusione perché tutto è finito il lunedì.
Altrimenti eseguilo 1-2 volte all'anno durante le festività natalizie, quando non si verificheranno conflitti di fusione.
Ma la soluzione potrebbe dipendere dalla tua priorità per lo stile del codice.
Penso che fare uno script di installazione che crei automaticamente il repository git e che imposti gli hook per il progetto sia migliore.
Oppure potresti includere lo script di installazione hook in una cartella per i tuoi sviluppatori all'interno del progetto e semplicemente controllarlo in git stesso.