La finestra a tutta altezza non è a tutta altezza El Capitan

Il gap nella parte inferiore della finestra si verifica quando il Dock è posizionato nella parte inferiore dello schermo e nascosto. Se è visibile, non c'è spazio vuoto e se il Dock è posizionato sul lato dello schermo, lo spazio vuoto appare su quel lato quando è nascosto.

Non sono a conoscenza di alcun modo per disabilitare questo comportamento, ma è stato presente in OS X per qualche tempo.

Se stai cercando la dimensione massima della finestra, puoi provare la modalità Schermo intero, che riempie l'intero schermo con i contenuti della finestra e nasconde persino il menu e le barre del titolo.

Apple progetta le schermate per lasciare uno spazio tra la finestra superiore e la barra dei menu (particolarmente evidente con una barra dei menu scura e un'immagine di sfondo luminosa) e mantiene anche uno spazio tra la parte inferiore dello schermo e la finestra.

Se dovessi indovinare, è per preservare le ombre e la "profondità" dell'interfaccia e hanno preso una decisione consapevole di implementare le finestre in questo modo.

Potrebbe essere necessario archiviare alcune segnalazioni di bug e raccogliere casi d'uso per il modo in cui ciò è negativo per indurli a invertire questa decisione. È difficile distinguere una volta che te ne accorgi, ma non penso che sia solo un bug nel loro codice.