Ho lo stesso problema con il mio Retina MBP (il modello a 2.3 GHz); dopo l'aggiornamento all'ultima versione 10.8.2 (incluso l'aggiornamento della grafica) e la ripresa dal sonno notturno, tutte le applicazioni Apple (Safari, Finder, ecc.) mancano di tutte le icone dalla barra degli strumenti e dalla barra dei menu (visualizza uno screenshot ).
Questa è la seconda volta che incontro il problema. La prima volta ho fatto una nuova installazione di Mountain Lion (cioè ho cancellato il disco) e ho non installato gli ultimi aggiornamenti di OS X. Quando ieri ho aggiornato OS X (dopo una settimana), oggi il problema era tornato dopo aver ripreso la macchina dal sonno notturno.
rm -rf'in tutti i file in / Library / Caches e ~ / Library / Caches e il riavvio non mi sono stati d'aiuto. Ho presentato una segnalazione di bug al link .
Aggiornamento:
Dopo aver letto questo thread , ho riavviato in modalità provvisoria, quindi torna alla modalità normale e le icone sono tornate. Ho disabilitato l'ibernazione come precauzione, finché Apple non risolverà il problema.