Le icone delle app sono parte dell'applicazione e non qualcosa di facilmente modificato dall'utente.
La modifica dell'icona cambierà i dati su cui l'applicazione esegue il hashs per la sua firma e quindi alcune cose si lamenteranno che l'applicazione è corrotta.
Le icone possono essere modificate andando all'applicazione in Finder e quindi scegliere Mostra contenuto pacchetto. Nel caso più semplice un file di icone sarà solitamente per l'applicazione X (penso che lo sviluppatore possa decidere di usare un altro nome)
X.app/Contents/Resources/X.icns
È quindi possibile sostituire quel file. Tuttavia, se l'applicazione è ben scritta e conforme alle Linee guida per l'interfaccia umana di Apple ci saranno diverse icone
Every app must include several sizes of its app icon for display in the Finder, Dock, Launchpad, and elsewhere.
Ricorda che quando Homebrew riceve una versione aggiornata di Emacs e la aggiorni, sovrascriverà la modifica che hai apportato.