Le applicazioni OS X sono in realtà cartelle speciali che contengono numerosi file più piccoli, risorse, binari, impostazioni di localizzazione, ecc. Quando il Finder apre una cartella con molte app, ha bisogno di fare molto più di quanto vorrebbe per aprire un cartella con lo stesso numero di documenti ordinari.
Per lo meno, il Finder deve controllare il nome localizzato di ogni app e caricare l'icona di ogni app. Sarà inoltre necessario verificare se è possibile avviare l'app, controllando se si tratti di Intel, PPC, Universal o Classic, eventualmente controllando anche se è a 64 o 32 bit.
È possibile che Finder stia raccogliendo anche altre informazioni, eventualmente controllando la struttura delle cartelle di ogni app per verificare che sia effettivamente un'app, o controllando la sua info.plist per associazioni di tipi di file, ecc. Lion può anche verificare che ogni app sia elencati in Launchpad.
Ovviamente, più app hai, più tempo ci vorrà. Direi che, a meno che i tuoi Mac non siano affamati di RAM, l'unico modo per rendere questo processo più veloce è quello di partire da un SSD invece che da un HD tradizionale. O forse elimina tutte le app non necessarie (che erano non installate da OS X).
Inoltre, la prima volta dopo ogni accesso, le cartelle Applicazioni e Utility potrebbero essere leggermente meno reattive inizialmente, anche dopo che le app sono state visualizzate, perché il Finder deve anche esaminare ogni app per calcolare la dimensione totale del file.